یکی از مشکلات کاربران در استفاده از حافظههای جانبی بحث امنیت و حفاظت از اطلاعات میباشد. به عنوان مثال در صورت گم شدن یکی از حافظههای جانبی شما نمیدانید که اطلاعات شخصی خود به دست چه کسانی افتاده و در نتیجه امکان سوء استفاده از آنها وجود دارد. برنامههای زیادی جهت امنیت حافظههای جانبی ساخته شده که این نرمافزار به دلیل سادگی در استفاده میتواند به کاربران کمک بسزایی نماید. شیوه کار با برنامه به این صورت است که پس از نصب شما با تعریف نمودن یک کلمه عبور اصلی برای آن وارد محیط برنامه شده و میتوانید اطلاعات را رمزگذاری نمایید. فایل اجرایی این برنامه در حافظه ساخته خواهد شد و برای بازگشایی آن میبایست به Cool Disk خود مراجعه نمایید. برنامه پس از وارد نمودن کلمه عبور تمام دادههای شما را در فایل اجرایی خود جای داده و از آن پس، هر کاربری تنها فایل اجرایی این برنامه را در حافظه مشاهده مینماید. بدین ترتیب اطلاعات شما از به سرقت رفتن در امان میماند. تنها ایراد این برنامه آن است که هر کسی میتواند فایل اجرایی ساخته شده در حافظه را به صورت دستی حذف نماید. بنابراین همواره از اطلاعات ضروری و مهم خود در جای دیگری یک نسخه پشتیبان تهیه نمایید.